今回の改正による2000系運用の主な変化は次の通り。
・「しおかぜ」「いしづち」からの撤退
1990.11.21改正から運用されてきた「しおかぜ」、1994.12.03改正から運用されてきた「いしづち」からそれぞれ撤退し松山在籍車は「宇和海」専任となる。
・「宇和海」指定席位置の変更と完全モノクラス化
改正後は松山車唯一の運用列車となる「宇和海」は指定席が上り方に変更されるほか4往復に連結されていたグリーン車運用が廃止される。なお従前4往復+直通列車1往復で運用されてきたラッピング車については4往復(うち上り1本は一般車併結)の運用となり3両(2152,2204,2107)体制に縮小され、また指定席位置の変更に伴い2100一般車に関しては高知所在籍車とのトレードが実施される。
・「南風」の完全2クラス化
2014.03.15改正で2両運転が全廃されるなど充実が図られてきた「南風」では今回全列車がグリーン車付編成での運転となる。
なおダイヤ改正において消滅する運用などの最終列車は次の通り。
| 日付 | 列車 | 内容 |
| 2/18 | 21D | 2006の「しおかぜ」最終充当 |
| 2/19 | 1064D | 2006の「宇和海」最終充当 |
| 3/7 | 21+1021D | 一般車なし7連最終、この列車を最後に2100が1両離脱 |
| 3/21 | 21D | 増結8連・全車岡山発着最終列車 |
| 3/24 | 9043D | 2000系「いしづち」(単独運転)最終列車 |
| 3/25 | 21+1021D | 2000系「しおかぜ・いしづち」最終列車 |
| 3/25 | 53+5027D | グリーン車なし「南風」最終列車 |
| 3/26 | 1052D | この列車を最後に2000松山車が1両離脱 |
| 3/26 | 1066D | グリーン車付「宇和海」最終列車 |
